Zope 3.2 リリースされました
http://www.zope.org/Products/Zope3/3.2.0final beta1 のあたりで例の生パスワードが暗号化されたようです。ビルドの途中で聞いて来ます。
Please select a password manager which will be used for encode the password of the initial administrator account.
1. Plain Text
2. MD5
3. SHA1
一応 SHA1 を選びました。